保護者や受験生が最も慎重に検討すべき要素が、学費と生活費を含めた総費用です。APUの学費は私立文系大学の全国平均（年間約110万〜120万円）と比較して高めの設定となっており、初年度の納入金は約150万円〜160万円前後（入学金含む）に達します。
学費が高額になる構造的な理由は明白です。第一に、教員1人あたりの学生数が少なく、少人数制ディスカッション講義を徹底していること。第二に、世界中から優秀な外国人教員を招聘・維持するための人件費や、日英両言語での事務運営・学生支援体制を維持するためのコストが常時発生しているためです。
さらに、国際学生および国内学生の多くが1年次に入寮する国際教育寮「APハウス」の費用も考慮に入れる必要があります。
- APハウス寮費：月額およそ5万円台前半〜中盤（共益費・水光熱費・インターネット代等を含む）。
- 生活費と合わせた初年度コスト：学費と寮費、日々の食費や教材費を合わせると、1年次にかかる総額は約220万〜250万円程度が目安となります。
2年次以降は多くの学生が別府市街地へ下りてアパートで一人暮らしを始めます。別府市は地方都市であるため、家賃相場は1K・1Rで3万円〜4万5千円程度と、首都圏に比べて住宅コストを大幅に抑えることが可能です。また、成績優秀者に対する授業料減免制度や各種給付型奨学金も充実しており、学費負担を軽減するセーフティネットが整備されています。
