恵庭南高校の最大の独自性といえるのが、道内の公立高校で唯一設置されている体育科の存在です。普通科と体育科では、3年間の時間割や学習内容において明確な違いが設けられています。
普通科では、基礎学力の定着から大学進学・専門学校・就職まで多様な進路希望に対応するバランス重視のカリキュラムが組まれています。習熟度別授業や放課後講習など、個々の学習スピードに合わせた手厚いサポート体制が敷かれています。
対して体育科では、授業全体の約3分の1がスポーツ・体育関連科目に充てられます。専門的なスポーツ理論、栄養学、バイオメカニクスの基礎学習に加え、野外実習（スキー実習やキャンプ実習、遠泳など）といった専門実技が豊富に組み込まれているのが大きな魅力です。将来的に体育教師やインストラクター、アスレティックトレーナー、警察官・消防官を目指す生徒にとって、極めて実践的な環境が整っています。
