石垣市公設市場の最大の魅力は、観光地化された表層的なグルメにとどまらず、島民が日常的に消費している本物の味に直接触れられる点にあります。地下1階の精肉店では、JA認定の最高等級・石垣牛が驚くべき鮮度でショーケースに並びます。一般的なリゾートレストランで食すと高価な石垣牛ですが、市場内の精肉店では部位ごとの量り売りが行われており、コンドミニアム滞在者向けのステーキ肉や、自宅発送用の冷凍・チルドブロックを適正な地元価格で購入できます。
鮮魚コーナーでは、沖縄特有の高級魚「アカマチ（ハマダイ）」や「ミーバイ（ハタ類）」、鮮烈な青色が目を引く「イラブチャー（ブダイ）」のほか、近海で水揚げされた本マグロやセーイカ（ソデイカ）が並びます。一部の鮮魚店舗では、店頭に並ぶ刺身パックをその場で購入し、市場内の休憩スペースでそのまま味わうスタイルが旅慣れた旅行者から絶大な支持を集めています。
また、2階の石垣市公設市場 食堂 グルメエリアでは、八重山諸島の伝統的な家庭料理を提供する食事処や、新しい発想を取り入れたローカルカフェが営業を展開しています。豚骨と鰹節をベースにした澄んだ出汁に丸麺を合わせ、細切りにした豚肉とカマボコを乗せた「八重山そば」は、観光客向けに過剰な味付けがされておらず、出汁本来の滋味が体に染み渡る逸品です。揚げたての「サーターアンダギー」や、ピーナッツのコクが際立つ「ジーマーミ豆腐」、島産ハーブを使用したクラフトドリンクなど、食べ歩きやランチに最適なメニューが揃っています。
