生徒が自らの興味・関心や将来の進路希望に合わせて科目を選択できるシステムこそが、士別翔雲高校の骨格です。開設されている選択科目群（系列）は、大学進学を視野に入れた「人文・自然科学系」から、ビジネススキル・簿記・情報処理を学ぶ「商業・情報系」、福祉や生活科学を修得する「生活・福祉系」など多岐にわたります。
商業高校の伝統を受け継いだ高度な資格取得（日商簿記、全商情報処理、電卓検定など）に挑戦できる環境が整っており、普通科高校では得られない実践的スキルを身につけられる点が際立った特色です。
毎日の学校生活を彩る制服デザインは、落ち着いたネイビー基調のブレザータイプを採用。清楚で規律ある印象を与えるデザインとなっており、保護者や地域住民からも高い評価を得ています。男女ともに機能性を考慮したスラックス・スカートの選択肢が用意されています。
また、気になる学費や教育費の負担についても、道立高校であるため「高等学校等就学支援金制度」の対象となります。世帯年収基準を満たせば授業料は実質無償化され、入学金や諸会費、教材費などの実費負担も私立高校と比較して大幅に低く抑えられます。経済的な負担を軽減しながら、質の高いキャリア教育を受けられる点は公立総合学科の大きなアドバンテージです。
