婦人科と並び、杏雲堂病院の二枚看板となっているのが消化器内科・消化器内視鏡センターです。早期胃がんや大腸ポリープに対する内視鏡的粘膜下層剥離術（ESD）をはじめとする低侵襲治療において、卓越した技術力を発揮しています。苦痛の少ない鎮静剤を用いた内視鏡検査は、定期的な検査を躊躇していた患者層からも好評です。
また、予防医学の一環として提供されている人間ドックでは、基本コースに加えて婦人科検診や消化器特化オプションを柔軟に組み合わせることが可能です。人間ドックの費用感は、標準的な基本ドックでおよそ4万〜5万円台から設定されており、各種精密検査や腫瘍マーカーを追加しても明朗な料金体系が保たれています。
