与論島への海路を支えているのが、鹿児島〜奄美群島〜沖縄を結ぶ定期フェリーです。マリックスライン（「クイーンコーラルクロス」「クイーンコーラルプラス」）とマルエーフェリー（「フェリーあけぼの」「フェリー波之上」）の2社が1日おきに交互運航しており、毎日上下各1便が与論港に寄港します。
沖縄側からフェリーに乗船する場合、以下の2つの乗船地が存在します。
- 那覇港（船客待合所）：朝7:00出航 → 与論港11:50着（所要約4時間50分 / 2等運賃約4,500円〜5,500円前後）
- 本部港（もとぶこう）：朝9:20出航 → 与論港11:50着（所要約2時間30分 / 2等運賃約3,500円〜4,500円前後）
那覇市内から沖縄自動車道経由の高速バス「やんばる急行バス」等を利用して前日または当日本部港へ移動し、そこから乗船すると船酔いのリスクと乗船時間を大幅に短縮できます。大型客船のため船内にはシャワー室や売店、レストラン設備（自販機コーナー等）が整っており、甲板からエメラルドグリーンの大海原を眺めながらのアプローチは旅情感に満ちています。
一方、飛行機（那覇空港発RAC便、鹿児島空港発JAC便、奄美空港発JAC便）の最大のメリットは圧倒的な時間短縮です。ただし、機材が小型プロペラ機であるため、機内持ち込み手荷物や受託手荷物の重量・サイズ制限（3辺の合計や個数制限）がジェット機よりも厳格に適用される点には事前の注意が欠かせません。
