美術鑑賞と並んで来館者の熱い視線を集めているのが、1階に併設されたミュージアムショップとカフェの存在です。
ミュージアムショップでは、草間彌生氏のトレードマークである黄色やかぼちゃ（南瓜）モチーフのオブジェ、ステーショナリー、トートバッグ、手ぬぐい、マスキングテープなど多彩なグッズがラインナップされています。中でも「松本市美術館限定」と銘打たれたオリジナルポストカードや図録、限定パッケージのスイーツは、来館記念やお土産として絶大な人気を博しています。アートファンのみならず、洗練されたデザイン雑貨を求める旅行者で常に賑わいを見せています。
鑑賞後の余韻を味わえる館内カフェ「ミュゼ茶望（さぼう）」では、中庭の緑と屋外アートを眺めながら過ごせる開放的な空間が広がります。信州産の新鮮な牛乳や果実を使用したオリジナルスイーツ、こだわりのハンドドリップコーヒー、地元食材を取り入れた軽食メニューなどが揃っており、アート鑑賞で歩き疲れた身体を心地よく癒してくれます。カフェのみの利用（観覧券なし）も可能なため、地域の憩いの場としても親しまれています。
