九四フェリーを利用する前に知っておくべき決定的な落とし穴、それは「連休・繁忙期の凄まじい混雑」と「当日待機のリスク」です。ゴールデンウィーク、お盆、年末年始、秋の連休などのハイシーズンには、佐賀関港・三崎港の双方で乗船待ちの車列が港外まで伸びる光景が日常茶飯事となります。
予約なしで港に直行する九四フェリーの当日券での乗り方は、先着順のキャンセル待ち・当日枠待機となります。しかし、繁忙期は事前予約車で満船状態が続くため、1便見送りどころか「3〜4便（3〜4時間以上）待ってようやく乗船できた」という過酷なケースも珍しくありません。貴重な旅行時間を港の駐車場で浪費してしまうことこそ、知らずに乗ろうとした旅行者が直面する最大の損失です。
混雑を回避する裏ワザは以下の3点に集約されます。
第一に、乗船日の2ヶ月前の予約受付開始日に即座にWeb予約を完了させること。第二に、予約が取れなかった場合は、早朝始発便（6時〜7時台）や深夜最終便に近いオフピーク便の当日枠を狙って港へ向かうこと。第三に、乗り場へのアクセス時間を正確に見積もることです。
特に愛媛側の三崎港への乗り場アクセスは、八幡浜市内から「佐田岬メロディーライン（国道197号）」を約40分〜50分ほど一本道で走る必要があります。途中に信号は少ないものの、ワインディングが続くため、前走車のペース次第で所要時間が延びがちです。乗船手続きの締め切り時刻（出航の20分〜30分前厳守）に遅れると予約が無効化されて当日枠へ回されるため、余裕を持ったアプローチが命運を分けます。
