阿万海岸海水浴場のもうひとつの大きな魅力が、夜の帳が下りた砂浜で展開される「ウミホタル」の鑑賞です。ウミホタルとは、体長3ミリ前後の節足動物（甲殻類）で、刺激を受けると青く美しい蛍光物質を分泌して発光する性質を持っています。
南あわじ市沿岸は水質が良く砂泥底が広がっているため、ウミホタルの好適な生息地となっています。地元観光団体やホテルが主催するウミホタル観察会が定期的に実施されており、採取瓶から砂浜に放たれたウミホタルが一斉に青い光の粒子となってきらめく光景は、息をのむほどの幻想美です。
個人で鑑賞を試みる場合、5月から10月にかけての波が穏やかな夜、大潮の干潮前後の時間帯が観察のチャンスとなります。ただし、夜間の砂浜は完全な暗闇となるため、足元を照らすライトの準備が欠かせません。また、観察を終えたウミホタルは海へ丁重に戻し、生息環境を乱さない配慮が求められます。
