新レジェンドストーリー（真レジェンドストーリー）へ挑戦するためには、明確な進行フラグが設定されています。その解放条件は、旧レジェンドストーリー第49章「古代研究所」のステージ「復活の偽神」をクリアすることです。ここでボスとして出現する「古代種」の始祖「太古の追憶・古代種オールドリー」などを撃破し、ステージを突破した瞬間に、イベントステージ内に新たなマップ群が出現します。
新レジェンドストーリーは全49章で構成されており、旧レジェンドと同様に各章に複数のステージが存在します。さらに各ステージには難易度を表す「冠（★）」が設定されており、最終的には出撃キャラが「EX・レア」に限定される冠4（★4）の完全制覇がエンドコンテンツとしての大きな目標となります。
旧レジェンドストーリーとの決定的な違いは、敵キャラのステータスインフレだけでなく、固有のデバフ能力「古代の呪い」を操る古代種が本格的に出現する点です。これまで猛威を振るってきた「超ダメージ」「ふっとばし」「動きを止める」といった味方の強力な特殊能力が一定時間無効化されるため、従来の力押し編成では門前払いを食らう設計となっています。
