かつて併設型中高一貫校として高校からの外部募集を行っていた同校ですが、東京都教育委員会の方針に基づき都立富士 募集停止 高校のプロセスが完了。現在は1期生から6期生までが一体となった完全中高一貫体制が確立されています。
この組織改編がもたらした最大のメリットは、カリキュラムの前倒しと探究活動「富士未来学」の深化です。高校受験による学習の中断がないため、中学3年次から高校内容の先取り学習をスムーズに導入できるようになり、浮いた時間を独自の課題研究や理数教育（SSH指定等の知見を活かした探究プログラム）に充当できるようになりました。
その成果は出口戦略である都立富士高校附属中 進学実績に顕著に表れています。東京大学をはじめとする難関国立大学（一橋大、東京工業大、東京外語大など）や、早慶上理・GMARCHへの現役合格率が安定して伸長。特に理系進学者の割合が高まり、主体的に研究テーマを設定して推薦入試や総合型選抜で難関国公立を突破する生徒が増加している点は見逃せません。
