沈没船の中に隠されたチェストは、最大で3つ存在する。船の損傷具合によってチェストの個数は変わるが、構造ごとの配置法則を知っておくことで無駄な掘削作業を劇的に減らすことが可能だ。
1つ目は船尾上部に位置する「マップチェスト（地図のチェスト）」だ。ここには高確率で「宝の地図」が収められており、これを入手することが海中探検の第一歩となる。宝の地図が指し示す砂浜を掘り返すことで、水中での呼吸維持や強力な拠点防衛を可能にするコンジットの核、すなわち超レアアイテムである海洋の心（Heart of the Sea）を入手できるのだ。
2つ目は船尾下部の「宝物チェスト」。ここにはエメラルドや金インゴット、ダイヤモンドといった貴金属のほか、強力なエンチャントが施された防具類が眠る。そして3つ目が船首付近に配置される「食料チェスト」であり、水中探検に必要な耐久回復アイテムや紙、小麦などが手に入る仕組みだ。
