進路面において、本渡中学校の卒業生は熊本県立天草高校（全日制普通科・SSH）へ多数進学する実績を誇ります。天草地域における最難関公立校への主要な供給校となっており、難関大学や国公立大学進学を見据えた学習指導が中学校段階から意識されています。
また、普通科進学だけでなく、天草工業高校や天草拓心高校などの専門学科、熊本市内の私立強豪校（特待生進学）など、生徒個々の適性に応じた進路選択が行われています。高校受験対策に向けた実力テストや進路指導説明会は段階的に実施されており、早期から進路意識を高める仕組みが機能しています。
