高速バスネットを利用する最大の動機となるのが、運賃の割引制度です。窓口や電話予約で購入する通常運賃と比較して、サイト経由で決済を完了させるだけで適用される高速バスネット割引お得な「ネット割」（約2〜5%割引）が基本設計として組み込まれています。
さらに注目すべきは、同一路線を繰り返し利用するユーザーに付与される「利用回数割引」や「お気に入り路線割引」です。これらを早期購入割引（早売）と組み合わせることで、新幹線や航空機と比較して半額から3分の1以下の価格帯で移動が可能になります。
予約完了後の利便性を左右するのが高速バスネットWEB乗車票です。決済完了画面やマイメニューからスマートフォン画面に表示させる「ケータイ乗車票」、あるいは自宅のプリンターで出力した「WEB乗車票」を乗務員に提示するだけで、窓口に立ち寄ることなくバス停へ直行できます。乗車時の改札業務がQRコードのスキャンや画面確認で完結するため、発車直前の混雑を回避してスマートに乗車できる点が実用上の大きな強みです。
