プライベートにおいて、水上剣星のパートナーであるのが実力派女優の野波麻帆です。2人は共通の知人を通じた食事会で知り合い、カルチャーやファッションに対する価値観、モノづくりへのこだわりが共鳴したことで自然と交際へと発展しました。互いに高い美意識を持つ者同士、急速に距離を縮めた2人は、約1年強の交際期間を経て2012年12月に婚姻届を提出しました。
結婚発表の際、野波は「彼の温かく広い心、物事に対して真摯に向き合う姿勢に惹かれた」とコメントし、水上もまた野波の飾らない人柄と表現者としての才能に深い敬意を寄せていました。2人の間には、2013年に長女、2015年に次女が誕生しており、家庭内では2児の父親として育児にも全力でコミットしています。
家族の節目ごとにSNS等で垣間見える日常は、過度に着飾らないナチュラルなライフスタイルとして多くの同世代から憧れの眼差しを向けられています。夫婦でありながら親友のようでもあり、同時に表現の共同作業者でもあるという稀有なパートナーシップは、結婚から十数年が経過した現在も揺らぐことなく続いています。