ゼビアックスローションは、ベピオやディフェリンのような強い角質剥離作用を持たないため、皮膚刺激やアレルギーの発現頻度は比較的低い医薬品とされています。しかし、医薬品である以上、一定の確率で副作用が現れることは避けられません。
添付文書に記載された主な副作用としては、適用部位の刺激感、乾燥感、そう痒（かゆみ）、発赤（赤み）などが挙げられます。塗布直後にピリピリとした違和感を覚える程度であれば、保湿剤を先に入念に塗ることで緩和されるケースが多いですが、翌日以降も明らかな腫れやかぶれ、強い熱感を伴う赤みが続く場合は、「接触皮膚炎（かぶれ）」を起こしている疑いがあります。その際は自己判断で塗布を続けず、直ちに流水で洗い流して使用を中断し、処方医へ連絡してください。
また、最も警戒すべきリスクが前述した「耐性菌の誘導」です。ニキビ治療の現場では、「以前もらって余っていたゼビアックスを、ニキビができるたびに数日だけ塗って放置する」という不適切な自己処置が散見されます。このような断続的かつ中途半端な投薬は、生き残ったアクネ菌に耐性変異を起こさせる最大の引き金となります。ガイドラインでも抗菌薬の漫然とした使用は厳しく戒められており、通常は目安として4週間程度で効果を判定し、炎症性皮疹が改善した段階で速やかに面皰治療薬による維持療法へシフトすることが鉄則です。
