『にじいろジーン』を語る上で欠かせないのが、番組のナビゲーター役を務めたジーンちゃんの唯一無二のキャラクター性です。視聴者の間で最も議論を呼んだのが「ジーンちゃんの声優は一体誰なのか」という点でした。番組クレジットでは長年キャラクターとしての「ジーンちゃん」表記が一貫して守られており、特定の声優名は前面に出されていませんでした。
しかし、その愛嬌ある声質とテンポの良いリアクションから、アニメ界で活躍する著名な女性声優やナレーターが担当していたと業界関係者の間では語り継がれています。現場スタッフの手記や当時の制作関係者の証言によると、スタジオの山口智充さんや歴代女性MC陣との掛け合いは事前収録だけでなく、生放送中のアドリブにも柔軟に対応できる極めて高いトークスキルを持ったプロフェッショナルが演じていたとされます。
また、ジーンちゃんのビジュアルに関して「犬の犬種は何がモデルなのか」という疑問も多く寄せられました。公式イラストやぬいぐるみを見る限り、ピンと立った大きな「バット・イヤー（コウモリ耳）」、短いマズル、がっしりとした愛嬌ある体型から、フレンチブルドッグまたはボストンテリアがモチーフであることは明白です。この親しみやすいデザインが、子供からシニア層まで幅広い視聴者を惹きつける強力なフックとなりました。
