川島舟氏の私生活における歩みもまた、週刊誌を中心とするメディアの格好の標的となってきました。同氏の結婚歴は2度あります。
最初の結婚は2006年のことでした。お相手は麻布大学時代の知人であり、地方競馬の元女性騎手・調教師の補佐を務めていた女性です。動物や馬という共通の趣味と関心を通じて結ばれた婚姻であり、その後長女が誕生しました。しかし、多忙な研究生活やすれ違い、また皇室の親戚という特異な立場から生じる過度な社会的ストレスも影響したとされ、2012年に協議離婚が成立しています。長女の親権は母親側が持ち、舟氏は静かに研究室での生活へと戻っていきました。
その後、約10年にわたる独身生活を経て、2022年2月に舟氏は再婚を果たします。報道各社の取材や関係者の証言によると、再婚相手となった女性は精神科医であり、医療法人の理事長を務める医療従事者でした。二人は福祉支援活動やアニマルセラピー関連の取り組みを通じて知り合い、医学と獣医学という互いの専門性を尊重し合うなかで交際へと発展したと報じられています。
2026年現在の暮らしぶりについて、周囲の知人は「派手な交際を好まず、休日は保護犬・保護馬のケアや研究論文の執筆に充てるなど、非常に穏やかで落ち着いた夫婦生活を送っている」と証言しています。40代後半での再婚を経て、公私ともに精神的な安定期を迎えている様子が窺えます。
