視聴者の涙を誘い、長年にわたって「なぜ手元に残さなかったのか」と議論されてきたのが、カロス地方での別れのシーンです。ネット上では当時、冗談交じりに「島流し」「リストラ」といった俗称が飛び交うこともありましたが、作中で描かれた実態は全く異なります。
発端となったのは、悪の組織・フレア団が引き起こしたカロス壊滅の危機でした。フラダリが操る巨石との決戦後、フレア団が撒き散らした負のエネルギーの残滓が、巨大な赤い植物の「根」となってカロス地方の地下に広く根を張り、街や自然を脅かし続けていました。この根は地中に潜んでいるため通常の人間の視力では感知できず、カロスの秩序を守る伝説のポケモン「ジガルデ（プニちゃん・2号機）」であっても、単独ですべてを迅速に捜索・伐採することは不可能でした。
ここで求められたのが、サトシゲッコウガだけが持つ「負のエネルギーを正確に感知する特異能力」と、根を一撃で切り裂く圧倒的な切断力でした。ジガルデからの「カロスを救うために力を貸してほしい」という切実な要請を受け、サトシはゲッコウガの目を見つめ、互いの使命を瞬時に理解します。ゲッコウガ自身が自らの強さを誰かの平和のために使いたいと望み、サトシはその意志を最大限に尊重して背中を押しました。つまり、二人の別れは後退ではなく、「世界を守る守護者としての独立」という最高の栄誉に基づく決断だったのです。
