小倉駅から新下関駅を在来線で移動する際、最も多くの利用者が直面するトラブルが交通系ICカード（Suica、ICOCA、SUGOCAなど）のエリア跨ぎ問題です。駅の改札口でブザーが鳴り響き、足止めを食らう光景は現地で日常茶飯事となっています。
小倉駅はJR九州のSUGOCAエリア、新下関駅はJR西日本のICOCAエリアに属しています。交通系ICカード全国相互利用サービスにより、各エリア内での乗車や買い物は1枚のカードで相互に利用できますが、「異なる鉄道会社のエリアをまたがって在来線に乗車すること」はシステム上原則としてできません。
過去の特例見直しや運用基準により「下関駅まで」であればICカードで改札を出入りできる運用が整備されていますが、下関駅を越えて新下関駅まで在来線で向かう場合、JR九州エリアからJR西日本の内陸部へ跨ぐ形となるため、新下関駅の自動改札機で出場処理ができません。誤ってタッチして乗車してしまった場合、新下関駅の窓口で長蛇の列に並び、現金精算と入場記録の取り消し処理を依頼する羽目になります。
在来線を利用する場合は、小倉駅の自動券売機であらかじめ現金またはクレジットカードで430円の紙の近距離きっぷを購入して改札を通るのが、トラブルを完全に防ぐ鉄則です。
