ハーバリウムの処分で最も大切な原則は、「オイル」「花材」「ガラス瓶」「キャップ（フタ）」の4つに分別することです。中身が入った状態のままゴミ集積所に出すことは、ほぼすべての自治体で禁止されています。
実際の現場検証と専門業者の手引きに基づく、失敗しない解体手順は以下の通りです。
【準備するもの】
・牛乳パック（または厚手のビニール袋）
・新聞紙や古布、キッチンペーパー（適量）
・ビニール手袋（オイルによる手荒れ防止）
・割り箸やピンセット（花材の取り出し用）
・少量の水（発火防止用）
・粘着テープ（ガムテープなど）
【ステップ1：オイルの抜き取り】
牛乳パックの中に、くしゃくしゃに丸めた新聞紙や古布をすき間なく敷き詰めます。そこにハーバリウムのオイルをゆっくりと注ぎ込み、紙や布に完全に吸わせます。
【ステップ2：花材の取り出し】
瓶の中に残ったドライフラワーやプリザーブドフラワーなどの花材を、割り箸を使って引き抜きます。取り出した花材は油を含んでいるため、オイルを吸わせた新聞紙と一緒に牛乳パック内へ入れます。
【ステップ3：発火防止の注水と密閉】
酸化熱による発火トラブルを避けるため、オイルと花材を入れたパック内に少量の水を注ぎます。その後、パックの口を粘着テープで頑丈に密閉し、自治体の区分（多くの場合は「燃えるゴミ／可燃ゴミ」）に出します。
【ステップ4：瓶の洗浄と分別】
空になったガラス瓶の内側に付着した油分を、キッチンペーパー等で可能な限り拭き取ります。その後、食器用洗剤で内側を洗い流し、乾燥させてから資源ゴミ（ガラス瓶）として排出します。
