全航路を賢く利用する上で、運賃体系の把握と早期予約は絶対的な必須条件となる。運賃は時期によって「A期間（通常期）」から「E期間（繁忙期）」まで変動する季節変動制（ダイナミックプライシング）が採用されており、閑散期の平日とゴールデンウィークや年末年始では倍以上の価格差が生じることも珍しくない。
コストを最小限に抑えつつ快適性を最大化するための裏ワザは主に3点ある。
第1に、公式ウェブサイトの「早割」システムを使い倒すことだ。乗船日の数か月前から受付が始まる早期割引枠やインターネット予約割引を組み合わせることで、スーペリアやデラックスといった上級個室であっても、新幹線＋ビジネスホテル泊の総額を大幅に下回る価格で確保できる。
第2に、提携予約プラットフォームの活用だ。フェリー便の予約においては、バスや各種交通機関の予約で広く知られる発車オ〜ライネットなどの外部連携システムを活用したキャンペーン枠や、マイカー積載とのセット割引プランが突発的に登場するケースがある。定期的なチェックが思わぬ掘り出し物チケットにつながる。
第3に、部屋の「アップグレード差額」を狙う方法だ。スタンダードな客室を基本料金で予約しておき、当日の空き状況に応じて窓口で追加料金を支払うことで、バルコニー付きキャビンやスイートへ割安に変更できるチャンスが存在する。一人旅ならカプセルタイプの「プライベートベッド」、家族連れならテラス付きの「スイート」を選ぶなど、旅の目的に応じて最適な選択肢を組み立てたい。
