カチョエペペの骨格を決めるのがチーズの選定です。本場の味を完璧に再現するためには、DOP（原産地名称保護）認証を受けた「ペコリーノ・ロマーノ（Pecorino Romano）」が不可欠となります。
ペコリーノ・ロマーノは羊乳を原料としており、牛乳製のチーズにはない独特の野性的なアロマと、保存食由来の強い塩分濃度（約4〜5%）が特徴です。この強い塩味があるからこそ、塩を控えめに茹でたパスタと合わせた際に完璧な調和を生み出します。
一方で、「羊乳チーズ特有のクセが苦手」「近所のスーパーで手に入らない」というケースも少なくありません。その場合の代替案として以下の選択肢が挙げられます。
- パルミジャーノ・レッジャーノ（牛乳製）：アミノ酸の結晶による深い旨味と甘みを持つ。代用するとマイルドで上品な仕上がりになるが、塩気がペコリーノより穏やかなため、茹で汁の塩加減で調整が必要。
- グラナ・パダーノ（牛乳製）：パルミジャーノよりも熟成期間が短く、溶けやすい。非常に扱いやすくコストパフォーマンスに優れる。
- 黄金ブレンド（推奨）：ペコリーノ・ロマーノ 70% ＋ パルミジャーノ・レッジャーノ 30% の比率で合わせることで、本場の風味を保ちつつ、日本人好みのまろやかなコクを実現可能。
