地方空港や山岳地帯の空港を結ぶ路線が多い特性上、天候悪化時の運航状況確認は欠かせません。欠航理由の多くは、冬季の降雪（青森・花巻・山形・新潟など）や台風接近に伴う強風、信州まつもと空港周辺特有の視界不良（霧や低い雲）に起因するものです。
公式サイトの「運航状況・発着案内」ページでは、発着便ごとの天候調査状況や条件付き運航（出発空港への引き返しや他空港への着陸）の可能性がリアルタイムで更新されます。もし気象条件による欠航や大幅遅延が決定した場合、購入元を問わず無手数料での予約変更（便の振替）や全額払い戻しに対応してもらえるため、悪天候が予想される時期はメール通知や公式SNSの速報をこまめに確認しましょう。
