代謝の謎を解き明かす上で、もう一つ無視できない要素が腸内フローラだ。近年、科学的ドキュメンタリーとして話題を集めたNetflixの『ハック・ユア・ヘルス: 腸から始まる健康の秘密』でも紹介された通り、同じカロリーの食品を口にしても、腸内細菌叢のバランスによって体内に吸収される実際のエネルギー量は全く異なる。
腸内に特定の有用菌が豊富な人は、食物繊維から短鎖脂肪酸を生成し、代謝を高めて余分な脂肪の蓄積を防ぐ働きが強い。一方で、腸内環境が乱れていると、食物から必要以上にエネルギーを回収してしまい、同じ食事量でも太りやすくなる。食品パッケージに記載された「カロリー表記」は実験室内での熱量に過ぎず、人体の複雑な消化・代謝系をそのまま反映しているわけではないのだ。