特定の体質を持つ人にとって、トマトの食べ過ぎはアレルギー症状の引き金になる場合があります。特にスギやヒノキ、シラカバ、イネ科の花粉症を患っている人は、トマトを食べた直後に唇の腫れや口の中のイガイガ感、喉のかゆみを感じる「口腔アレルギー症候群（OAS）」を発症するリスクを抱えています。これは花粉のアレルゲン構造とトマトのタンパク質が酷似しているために起きる交差反応です。
また、トマトに多く含まれるカリウムの過剰摂取も見逃せません。健康な人であれば余剰なカリウムは尿として排出されますが、腎臓機能が低下している人の場合、カリウムを上手く排出できずに血液中に溜まり、「高カリウム血症」を引き起こす危険性があります。高カリウム血症は不整脈や手足のしびれ、筋力低下などの重大な症状につながるため、腎疾患を指摘されている方は厳格な摂取制限が求められます。
