受験生や保護者から頻繁に寄せられる疑問の一つが、「立教大学」と「立教女学院」の組織的な違いです。名称に同じ「立教」を冠しているため同一法人の付属校と誤認されがちですが、実態は独立した別法人です。
立教大学（池袋・新座）を運営するのは「学校法人立教学院」（共学の小学校・中学校・高校・大学・大学院を設置）であるのに対し、久我山の女子校を運営するのは「学校法人立教女学院」（小学校・中学校・高等学校を設置する女子校法人）です。
両校はどちらも1870年代に米国聖公会の宣教師チャニング・ムーア・ウィリアムズ主教によって創設されたルーツを共有しており、日本聖公会の精神的同一性を持つ「姉妹校」の関係にあります。資本や学校経営は完全に独立していますが、立教女学院高等学校から立教大学への強固な特別推薦枠（卒業生の50％〜60％規模）が確立されており、歴史的・精神的な絆は今なお極めて強固です。
