気化式加湿器を運用する上で避けて通れないのが、「酸っぱい臭い」「雑巾のような生乾き臭」の発生です。この悪臭の主な原因は、水道水に含まれるミネラル分（カルシウム・マグネシウム）の結晶化と、フィルターに付着した雑菌・カビの繁殖にあります。
気化式は水分のみを空気中へ蒸発させるため、不純物やミネラル成分はすべてフィルター側に残留します。これを放置すると、ミネラル成分が白いカルキ塊となって固着し、フィルターの吸水力を著しく低下させます。さらに、湿った状態が長く続くトレイ内に室内のホコリや皮脂成分が混入することで、雑菌（モラクセラ菌など）が繁殖し、強烈な異臭を放つようになります。
臭いと雑菌を防ぐためのメンテナンス手順は以下の通りです。
- 白い固まり・カルキ汚れの除去（月1回）：ぬるま湯（約40℃）3リットルに対し、クエン酸約20g（大さじ1杯半）を溶かし、加湿フィルターを約30分〜2時間浸け置きします。その後、水道水でしっかり押し洗いします。
- 生乾き臭・カビ臭の除去：酸っぱい臭いには、ぬるま湯に「重曹」または「酸素系漂白剤（過炭酸ナトリウム）」を少量溶かした浸け置きが有効です（※塩素系漂白剤はフィルターの繊維を傷めるため厳禁）。
- トレイと給水タンクの日常管理：給水のたびに少量の水で振り洗いを行い、トレイ内に溜まった水は数日放置せず定期的に捨てることが鉄則です。
