本作における最大の謎の核となってきたのが、世界規模で暗躍する犯罪シンジケート「黒の組織」です。組織の最高権力者であるボスの正体は、半世紀前に謎の死を遂げたとされていた大富豪・烏丸蓮耶であることが判明しています。単行本30巻の「集められた名探偵」で語られた黄昏の館の主であり、その莫大な財力と人脈が組織の資金源であることが示唆されています。
読者の注目を長期間にわたって集めたのが、ボスに次ぐ組織のNo.2である「ラム」の正体特定でした。左目が義眼であるという特徴から、「黒田兵衛」「若狭留美」「脇田兼則」の3名が有力候補として浮上。原作100巻記念エピソードおよび連載の進行に伴い、米花いろは寿司の流れ板前として毛利小五郎に弟子入りしていた脇田兼則がラム本人であることが確定しました。変装を解いたラムは、17年前に起きた「羽田浩司殺人事件」の現場に居合わせた張本人であり、アポトキシン4869の投与によって若返りの可能性を模索する冷酷な謀略家です。
現在判明している黒の組織の主要コードネーム保持者は以下の通りです。
- ジン：組織の実行部隊リーダー。高い洞察力と冷徹さを併せ持ち、コナンの正体である工藤新一に毒薬を飲ませた張本人。
- ウォッカ：ジンの補佐役。実務処理やIT関連の工作を担当し、ジンへの忠誠心が極めて高い。
- ベルモット（シャロン・ヴィンヤード / クリス・ヴィンヤード）：ボスのお気に入りとされる変装の達人。コナンと灰原の正体を知りながら、新一と蘭に命を救われた過去から組織には報告を秘匿している。
- キャンティ / コルン：組織の凄腕スナイパーコンビ。カルバドスを見殺しにしたベルモットを激しく嫌悪している。
- キール（水無怜奈 / 本堂瑛海）：CIAから組織へ潜入している諜報員。父親イーサン・本堂の命懸けの偽装によって組織の信用を勝ち取った。
- バーボン（安室透 / 降谷零）：日本の警察庁警備局警備企画課（ゼロ）の潜入捜査官。情報収集のエキスパートとして組織内に深く食い込んでいる。
さらに、帝丹小学校1年B組の副担任として突如現れた若狭留美の正体が、17年前に羽田浩司のボディーガードを務めていた「浅香」であることも判明しました。彼女は組織の人間ではなく、ラムに対する強い復讐心を持って行動しており、将棋の駒「角行」を肌身離さず所持しています。このように、ラムの正体判明と浅香の動向が連動したことで、17年前の事件に端を発する因縁の糸が一気に手繰り寄せられています。
