チーズフォンデュ作りで最も頻発するトラブルが「分離」と「ダマ・ボソボソ化」です。鍋の中で油分が黄色く浮き上がり、底に硬い固形物が沈殿してしまう現象には、明確な調理科学的理由が存在します。
チーズは本来、水分・乳脂肪・タンパク質（カゼイン）が絶妙なバランスで混ざり合った「乳化（エマルション）」状態にあります。しかし、直火などの急激な高温（おおむね75℃以上）に晒されると、カゼインが強く凝集して網目構造を縮め、内部に抱え込んでいた脂肪分と水分を外へ吐き出してしまいます。これが分離の正体です。
本場のスイス料理では、グリュイエールチーズやエメンタールチーズといった加熱溶解性に優れたナチュラルチーズを用い、白ワインに含まれる酒石酸やリンゴ酸がカルシウムと結合することでカゼインの凝集を抑えています。一方、家庭で白ワインを使わずに作ったり、加工度が異なる市販チーズを適当に加熱したりすると、酸による補助がないため容易に乳化が崩れてしまうのです。
この問題を一発で解決するのが片栗粉や小麦粉などの「でんぷん質」です。加熱前にチーズの表面へ均一にでんぷんをまぶしておくことで、温度上昇時にでんぷんが水分を吸って糊化（α化）し、網目構造を形成します。この粘り気のあるゲル構造が遊離しようとする脂肪球を物理的に包み込み、分離を強力にブロックするのです。
