相模川ふれあい科学館の最大の魅力の一つが、公立施設ならではのリーズナブルな価格設定です。一般的な民間大型水族館の入場料が大人2,500円〜3,000円前後に達する現在、大人450円、小中学生150円、未就学児は無料で利用できます。
公式発表資料および現地窓口情報によると、相模原市内に在学・在住の小中学生への各種優遇制度や、JAF会員証の提示による団体料金適用(約1割引き相当)など、賢く使える割引ルートも整備されています。さらに、リピーターの間で支持されているのが年間パスポートです。大人1,500円、小中学生450円となっており、年間4回以上の来館で確実に元が取れる計算です。