NHK教育アニメのアイデンティティを語る上で、主題歌のクオリティの高さは外せません。民放アニメとは一味違う、洗練されたJ-POPや実力派アーティストの楽曲が多数起用されていました。
『飛べ!イサミ』のオープニングを飾ったTOKIOの「ハートを磨くっきゃない」は、疾走感あるビートと力強いメッセージで、当時の子供たちに前を向く勇気を与えました。また、『YAT安心!宇宙旅行』の椎名へきるが歌う「だめよ!だめよ!だめよ!!」は、90年代声優ブームの熱気をそのまま詰め込んだキャッチーな名曲として、アニメソングの歴史に燦然と輝いています。
さらに『あずきちゃん』の「素敵な君」（RAZZ MA TAZZ）の甘酸っぱいポップセンスや、『コレクター・ユイ』第2期のオープニング曲である川本真琴の「桜」の繊細な心理描写は、オープニング映像の美麗さと相まって、今でもイントロを聴くだけで当時の情景が鮮やかに蘇る圧倒的な引力を持っています。
