特定外来生物に指定されたことで、チュウゴクオオサンショウウオおよび交雑種の生きたままの運搬、保管、飼育、販売、野外への放出は法律で固く禁止されています。違反した場合には最高で3年以下の拘禁刑もしくは300万円以下の罰金（法人の場合は1億円以下の罰金）という極めて重い罰則が科されます。
駆除対策においては、単純な殺処分を行うのではなく、保護施設での生涯飼育（収容管理）が一部で行われている点も特徴的です。交雑個体であっても動物福祉の観点や教育的展示への活用が考慮され、各地の水族館や研究施設と自治体が連携したシェルターの運用が進められています。
また、河川改修や堰堤の構造工夫によって外来個体の上流への遡上を防ぎ、源流域に残る「純粋な在来個体群」を物理的に隔離して保護するサンクチュアリ化の試みも各地で本格化しています。
