出血以外にも、内臓機能の低下や胆汁の流れの滞りによって、便の色は劇的に変化します。
便が白っぽく、クリーム色や灰色、あるいは粘土のような色（灰白色便）になっている場合、胆汁が正常に腸内へ届いていません。もっとも警戒すべき原因は胆管結石や胆道がん、膵頭部がんによる胆管の閉塞です。ビリルビンが腸に流れ込まないため便が着色されず、行き場を失ったビリルビンが血液中に逆流することで、皮膚や白目が黄色くなる「黄疸（おうだん）」や褐色尿を併発します。また、成人の場合はバリウム検査後の一時的な排泄もありますが、心当たりがないのに白い便が出た場合は極めて危険なサインです。
便が緑色に変色する主な原因は、急激な下痢による消化管通過速度の加速です。胆汁に含まれる緑色のビリルビンが、腸内細菌によって還元される時間が足りないまま体外へ排出されると、便が緑色に見えます。サルモネラ菌などの感染性腸炎や、暴飲暴食・冷えによる強い下痢の際によく見られます。また、青汁やスピルリナ、ほうれん草など葉緑素（クロロフィル）を多く含む食品を大量摂取した翌日にも発生します。
便が明るい黄色や山吹色で水っぽく、油が浮いたような状態（脂肪便）になる場合は、脂質の過剰摂取や膵臓の消化酵素不足による消化不良が疑われます。酸っぱい臭いが強い場合は腸内での異常発酵が起きているサインです。
