「マルボウ」の現場は、他の刑事警察とは流れる空気が根本から異なる。対象とする相手は、法令遵守の精神を端から持ち合わせないプロの犯罪組織だ。情報収集のためには、組関係者と紙一重の接触を保ち続ける必要がある。そこには時に「警察の闇」と背中合わせの危険な密約や倫理的葛藤が立ち込める。
身を隠すのではなく、あえて威圧的な態度や独特の隠語(業界用語)を使いこなし、相手の懐に飛び込む捜査員たち。一歩間違えれば命を落としかねない緊張感の中で、極秘の協力者(エス)を獲得し、組織内部の亀裂や動向を察知する。メディアで報じられる華やかな事件解決の裏には、泥臭く泥沼を這うような現場の真実が存在するのだ。