明治2年（1869年）、新政府が発令した関所廃止令により、箱根や碓氷をはじめとする全国の関所施設は次々と取り壊されました。軍事的な封建支配の象徴を排除し、近代国家への移行をアピールすることが新政府の至上命題だったためです。では、なぜ特別史跡 新居関所の面番所だけが取り壊されずに残ったのでしょうか。
湖西市教育委員会や歴史資料の調査記録によると、関所廃止直後の明治6年（1873年）、この建物は「新居小学校」の仮校舎として転用されました。その後も新居町役場、さらには町民の公会堂や産業組合の事務所として、地域行政と住民生活の中核施設として活用され続けた経緯があります。
明治・大正・昭和の激動期において、木造平屋建ての堅牢な建物は「壊すべき遺物」ではなく「使い続けるべき実用財産」として住民に守られました。昭和26年（1951年）には早くも国の特別史跡に指定され、昭和40年代の綿密な解体修理復元事業を経て、安政2年（1855年）の再建当時の姿が完全に蘇ったのです。
