萩・明倫学舎の施設構成は、本館棟と2号館を中心に展開されている。本館棟（国登録有形文化財）は旧明倫小学校の校舎をほぼ原形のまま保存・活用しており、廊下の板張り・教室の黒板・木製の窓枠といった昭和建築の細部が訪問者を懐かしくも厳粛な気持ちにさせる。
【本館の主な展示・施設】
①観光インフォメーションセンター：大画面モニターを活用した萩市全体の観光情報発信拠点。萩城下町の世界遺産関連施設へのアクセス情報や、季節ごとのおすすめスポットが随時更新されている。萩博物館・松下村塾・萩城跡など主要スポットへの動線確認にも活用できる。
②旧萩藩校明倫館展示室：明倫館の創設から廃藩までの歴史を、史料・模型・パネルで体系的に解説する常設展示。明倫館の敷地規模の復元模型は特に見応えがあり、その広大さが当時の萩藩の教育への投資規模を如実に示している。
③復元教室：旧明倫小学校の教室を当時の姿に復元。木製の机・椅子・黒板・掛け時計が当時のまま配置され、「昭和の小学校」の空気感を体感できるフォトスポットとしても人気が高い。
④ショップ：萩・明倫学舎オリジナル商品をはじめ、萩の特産品・幕末関連の書籍・グッズを販売。公式ホームページによると、ショップ商品のオンライン購入も対応しており、遠方の方でも購入できる体制が整っている。
【2号館の主な展示】
2号館では企画展示スペースが充実しており、2026年も季節ごとに異なるテーマの企画展が開催されている。また、3Dバーチャルツアー（本館・2号館の一部を3Dで観覧できるオンラインコンテンツ）も公式サイトで提供されており、来館前の予習や来館後の復習に活用できる。
【体験プログラム】
「松陰先生の朗唱教室」「藩校明倫館論語塾」は定期開催されており、貸切開催も事前申込制で対応している。子ども連れのファミリーから訪日外国人の修学旅行グループまで幅広い層に評判が高く、「知識として読む歴史から、声に出して体感する歴史へ」という教育的な転換点として機能している。
