長崎日大の最大の強みであり、保護者・受験生が最も注目するのが「日本大学への内部進学制度」です。日大は16学部87学科を擁する日本最大級の総合大学であり、法学部、経済学部、理工学部、芸術学部をはじめ、医学部・歯学部・薬学部といった医療系学部まで網羅しています。
付属校生が日本大学へ進学する主要ルートは、高校1年〜3年の4月に実施される「日本大学基礎学力到達度テスト」（旧・統一テスト）の標準化得点です。高校3年間のテスト結果が累積され、全国の付属高校生の中で自分がどの順位にいるかによって、希望する学部の推薦獲得可否が決まります。
「日大付属にいれば無条件で希望学部に進学できる」というのは誤解です。人気のある法学部法律学科、建築学科、あるいは日本大学芸術学部（日芸）や医学部・薬学部は、全国の付属校生との激しい席次争いになります。高校1年次から計画的に基礎学力到達度テスト対策を行わなければ、希望の学部・学科を勝ち取ることはできません。
一方で、学校推薦型選抜や総合型選抜、国公立大学の一般入試においても強固な実績を残しています。長崎大学、佐賀大学、熊本大学、九州大学などの国公立をはじめ、早稲田大学、慶應義塾大学、上智大学、東京理科大学、MARCH（明治・青山学院・立教・中央・法政）、関関同立（関西学院・関西・同志社・立命館）への合格者を輩出。日本大学の推薦枠を確保したまま国公立大学を受験できる「併願制度」も整備されており、リスクを抑えながら上位校へチャレンジできる構造が進学校としての大きなアドバンテージとなっています。
