神戸空港駅の最大の強みとして利用者の評価が高いのが、鉄道駅から空港ターミナルビルへの「段差のないフラットな直結構造」です。改札口を抜けると、屋根付きの連絡デッキがそのままターミナルビル2階の出発ロビーへと直結しています。
実際の動線を検証すると、ポートライナー降車から改札を出るまでが約30秒〜1分、連絡通路を歩いて国内線出発保安検査場の入口前に到達するまでが約1分30秒〜2分程度です。重いキャリーケースを引いていてもエレベーターやエスカレーターを介さず水平移動だけで移動できるため、羽田や伊丹、関西国際空港など他の拠点空港と比べても移動ストレスが極めて少ない設計となっています。
駅構内および連絡デッキ付近にはコインロッカーが設置されており、早めに到着して身軽に空港展望デッキやレストラン街を利用したい場合にも重宝します。大型スーツケース対応のロッカーも完備されていますが、連休や観光シーズンには日中の早い段階で埋まる傾向があるため、ターミナルビル1階の手荷物預かり機能と併せて状況を確認しておくと安心です。