訪れる前に必ず把握しておくべきが、小田原漁港とと丸食堂の待ち時間と混雑のメカニズムです。現地はセルフサービス型のフードコート形式を採用しており、システムとしては「券売機で食券を購入後、呼び出しベルを受け取って席で待つ」方式となっています。席数がフロア全体で約150席確保されているものの、休日の客足はそのキャパシティを遥かに上回ります。
現地取材および集計データから判明したTOTOCO小田原の混雑状況は、曜日と天候によって極端な二面性を示しています。平日の場合、11時30分から13時30分のピーク帯でも待ち時間は約15〜30分程度で推移し、比較的ストレスなく席を確保できます。しかし、週末やゴールデンウィーク、連休などの土日祝日には、午前11時の時点で食券購入の列が階段下まで伸び、呼び出しまでの待ち時間が60分〜最大120分に達するケースも珍しくありません。
注意したいのは、小田原漁港とと丸食堂は事前の席予約が一切不可であるという点です。混雑緩和のために導入されている整理券システムも、主に混雑が極限に達した際の入場制限や食券購入待機列の整理として機能しており、「整理券を取って指定時間に悠々と戻ってくる」という運用は曜日や混雑度によって異なるため油断は禁物です。また、施設に隣接する「漁港の駅 TOTOCO小田原 駐車場」（普通車約166台・無料）も、休日は午前10時30分を過ぎると満車となり、国道135号線に進入待ちの渋滞が発生します。車で訪れる場合は、駐車場待ちだけで30分以上を要するリスクを計算に入れておく必要があります。
