夏季限定やゴールデンウィーク、ハロウィン・クリスマス時期などに開催される「夜の水族館」は、昼間とは全く異なる顔を見せる大人気イベントです。営業時間が21時頃まで延長され、館内全体が青と紫の幻想的なライティングに包まれます。
夜の目玉は、対岸にきらめく福岡・博多の夜景をバックに実施される「ナイトイルカショー」です。ライトアップされたプールで跳躍するイルカのシルエットと、夜空に響くドラマチックな音楽が融合し、極めてロマンチックな空間が演出されます。水槽の前でゆったりと過ごせるため、大人のデートスポットとしても絶大な人気を誇ります。
夜間は日中に比べて館内の温度感も落ち着き、昼寝を始める生き物たちの無防備な生態など、夜ならではの観察ができる点も魅力です。追加料金なしの通常チケット（または年間パスポート）でそのまま夜まで滞在できるため、夕方から訪れるプランも非常にコストパフォーマンスに優れています。
