セルフケアを試しても48時間以上しゃっくりが止まらない場合、あるいは睡眠障害や著しい体力消耗を伴う場合は、速やかに医療機関を受診してください。
受診先としてしゃっくり何科を受診すべきか迷った際は、まずは「一般内科」または「総合診療科」を選択するのが基本です。胸焼けや胃の不快感がある場合は「消化器内科」、麻痺やめまいを伴う場合は「脳神経内科」「脳神経外科」、耳や喉に違和感がある場合は「耳鼻咽喉科」が適しています。
病院では血液検査、胸部・腹部レントゲン、頭部MRI/CT、上部消化管内視鏡（胃カメラ）などを組み合わせ、根本原因となる疾患を徹底的にスクリーニングします。
原因疾患に対する治療と並行して、苦痛を和らげるためのしゃっくり薬物治療と漢方薬の処方が行われます。
・西洋薬によるアプローチ：中枢神経の興奮を抑える抗精神病薬（クロルプロマジン）、消化管の運動を整えて胃内圧を下げるメトクロプラミド、神経の過剰伝達をブロックする抗てんかん薬（ガバペンチン）や筋弛緩薬（バクロフェン）などが症状に応じて用いられます。
・漢方薬によるアプローチ：横隔膜の急激な痙攣を鎮める「芍薬甘草湯（しゃくやくかんぞうとう）」、胃酸の逆流や冷えを伴う吃逆に効く「呉茱萸湯（ごしゅゆとう）」、気の巡りを整える「半夏厚朴湯（はんげこうぼくとう）」、古来よりしゃっくりの特効薬として知られる柿のヘタを用いた「柿蒂湯（していとう）」などが高い効果を発揮します。
