教団が力を注いできた事業の一つに、学校法人幸福の科学学園（栃木県の那須本校および滋賀県の関西校）の運営があります。「宗教教育と学力向上」を掲げて設立されたこの学校は、教育界でも特異な存在感を放っています。
学力データを見ると、中高一貫校としての偏差値は55〜65前後の高い水準を維持しており、東京大学や京都大学、早慶などの難関大学への合格者をコンスタントに輩出しています。全寮制による規則正しい生活リズム、スマートフォンなどの持ち込み制限、徹底した個別指導が受験結果に結びついているのは事実です。
しかし、その教育環境は極めて特殊です。日常的に大川氏の著作を読み、礼拝を行うカリキュラムが組み込まれており、一般家庭の生徒よりも信者の子ども（宗教2世・3世）が多く在籍しています。脱会した卒業生の証言からは「受験指導の質の高さには感謝しているが、外界から遮断された空間で特定の信仰を刷り込まれることへの葛藤があった」という複雑な胸の内が吐露されています。
