日本の公式な神話体系を決定づけた『古事記』（712年編纂）と『日本書紀』（720年編纂）。天孫降臨から歴代天皇の系譜を壮大に描いたこれら「記紀」には、瀬織津姫の名は一文字たりとも記されていません。しかし、宮中や全国の大社で唱えられてきた『大祓詞』において、瀬織津姫は「川の早瀬に坐して、罪穢れを大海原へと押し流す神」として筆頭に掲げられています。
この明白な矛盾の背景には、7世紀後半から8世紀初頭にかけての政治的・宗教的統制が存在したと研究者の間でも議論が絶えません。天武天皇から持統天皇の時代、朝廷は律令国家体制の確立に向けて神話の統合を推進しました。この時期、皇祖神としての「天照大神（アマテラスオオミカミ）」を最高神に位置づけ、太陽神としての純粋性と絶対性を確立する国家プロジェクトが進行していたのです。
水神・滝神・河川神として古くから日本各地の豪族や民衆に深く信仰されていた瀬織津姫は、荒々しい自然の力（荒魂）や龍神信仰と密接に結びついていました。国家統合の過程で、各地の土着神や出雲系・物部系の神々を中央の祭祀体系に組み替える際、あまりに強大で独立した霊力を持つ女神の存在は、皇統一元化のストーリーにおいて都合が悪かったと考えられています。その結果、正史の系図からは意図的に削ぎ落とされ、祭祀の実務である大祓詞の中にのみその痕跡が残される形となったのです。
