石山高校を唯一無二の存在たらしめているのが、滋賀県内の公立高校で唯一設置されている「音楽科」の存在です。石山高校音楽科の評判は関西全域の音楽関係者の間でも高く評価されています。
音楽科には個人練習用のレッスン室やホール、グランドピアノが多数完備され、現役の演奏家や専門講師によるマンツーマン指導が日常的に行われています。少人数編成（1学年あたり約30〜40名）の手厚い指導体制のもと、京都市立芸術大学や東京藝術大学、愛知県立芸術大学などの難関公立芸術大学、桐朋学園大学、東京音楽大学、昭和音楽大学といった名門私立音楽大学へ毎年進学者を送り出しています。
特筆すべきは、普通科と音楽科が同じ校舎で机を並べ、学校行事や部活動を共に過ごすシナジー効果です。一般的な進学校では味わえない本格的なクラシック演奏が校内に響き渡り、文化祭では圧倒的なクオリティのアンサンブルが披露されます。普通科の生徒にとっては情操豊かな刺激となり、音楽科の生徒にとっては学術的な視野を広げる環境となっており、この学科間共存は石山高校ならではの大きな魅力です。
