依然として深い闇に包まれているのが、黒ずくめの組織の全体像だ。半世紀前から進められていたとされる極秘プロジェクトの全貌、幼児化をもたらす薬「APTX4869」の真の開発目的、そして組織のトップである「あの方」こと烏丸蓮耶の現在地。散りばめられたピースは、未だ完全な形を成していない。
組織のナンバー2である「ラム」の正体が判明したことで、物語のギアは一気に加速した。側近のジンやウォッカ、暗殺部隊のキャンティやコルン、そして独自の目的で動くベルモット。内部の思惑は一枚岩ではない。特にベルモットがコナンと灰原哀（シェリー）に対して抱く特異な感情と沈黙は、組織崩壊の引き金となり得る最大の不確定要素として燻り続けている。
