交通系ICカードの普及に伴い、カード1枚でそのまま乗車できると勘違いするケースが多発しています。ミュースカイにおけるICカードの取り扱いには明確なルールが存在します。
Suica、manaca、ICOCA、PASMOなどの全国相互利用交通系ICカードは「乗車券部分（運賃）」として問題なく使用可能です。自動改札機にICカードをタッチして入場し、目的地でタッチして出場すれば基本運賃が引き落とされます。
ただし、改札機にICカードをタッチしただけではミューチケットを購入したことにはなりません。「スマホでミューチケット（チケットレス）を購入し、改札は手持ちの交通系ICカードでタッチして通過する」という組み合わせが現代の最もスマートな乗車スタイルです。車内での車掌による検札はシステム連動により基本的に省略されますが、指定された席以外に座っていると検札が行われるため注意してください。
