皮膚の表皮基底層には、紫外線から肌を守るメラニン色素を生成する「メラノサイト（色素細胞）」が整然と並んでいます。白斑の原因とメカニズムの核心は、このメラノサイトが何らかのトリガーによって破壊され、完全に消失してしまう点にあります。
医学界において最も有力と証明されているのが「メラノサイト自己免疫疾患」説です。通常はウイルスや細菌を攻撃するはずの免疫システム（特に細胞傷害性T細胞）がエラーを起こし、自己のメラノサイトを異物と誤認して標的攻撃を仕掛けます。その結果、工場であるメラノサイトが死滅し、メラニンの供給がストップした表皮は本来の色を失って純白化します。
臨床データによると、尋常性白斑の患者は甲状腺疾患（橋本病やバセドウ病）、1型糖尿病、円形脱毛症といった他の自己免疫疾患を併発する割合が一般人口より統計的に有意に高いことが判明しています。遺伝的素因に加え、強度の精神的ストレス、重度の日焼け、物理的摩擦、感染症などが重なり、免疫のブレーキが外れた瞬間に発症へと転じると考えられています。
