音楽活動に再び情熱を燃やしていた北公次を襲ったのは、過酷な病魔でした。2012年1月に体調不良を訴えて都内の病院に緊急入院した際、すでに病状は深刻な段階に達していました。死因は肝臓がんであり、余命宣告を受けるほどの状態でした。
入院からわずか約1か月後の2012年2月22日、東京都内の病院で静かに息を引き取りました。63歳という早すぎる旅立ちでした。最期を看取ったのは、長年彼を献身的に支え続けた妻や家族、そして苦楽を共にした江木俊夫、おりも政夫らでした。
亡くなる直前、意識が混濁するなかで北公次は病床からファンや仲間、そして関係者に向けたメッセージを口述筆記で託していました。その遺言メッセージには、最後まで応援し続けてくれたファンへの深い感謝とともに、自らの数奇な運命を受け入れ、未来へ向けて真実が正しく伝わることを願う切実な思いが込められていました。