かえつ有明の最大の特徴であり、他校との決定的な差別化要因となっているのが、学校独自に開発された探究科（プロジェクト科）と、授業全体に根付くディープ・アクティブラーニングです。教員が生徒に一方的に講義を行う昭和型の授業スタイルを排し、生徒同士の対話、問いの創出、プレゼンテーションを日常的に繰り返す教育設計が組まれています。
この探究型アプローチが、近年のかえつ有明における大学合格実績の急伸とダイレクトに結びついています。総合型選抜（旧AO入試）や学校推薦型選抜が大学入試全体の5割以上を占めるようになった現在、同校の生徒が日常的に培っている「自ら課題を設定し、探究・検証し、他者へ論理的にプレゼンする力」は、大学側が求めるアドミッション・ポリシーと完璧に合致しているのです。
公式発表資料および進路統計によると、卒業生は以下のような顕著な合格実績を叩き出しています。
- 国公立大学：東京外国語大学、東京農工大学、横浜国立大学、東京都立大学などへの現役合格者が定着。
- 最難関私立大学：早稲田大学、慶應義塾大学、上智大学、国際基督教大学（ICU）への合格者数が過去5年で大幅増。特にSFCや法学部・文系学部の総合型選抜で圧倒的な強さを発揮。
- GMARCH・海外大学：明治・青山学院・立教・中央・法政・学習院への手堅い進学に加え、アメリカ・イギリス・カナダを中心とする海外有力大学への直接進学者が毎年二桁台を維持。
「一般選抜のペーパーテストだけに頼らず、自らの研究テーマを武器に難関大を突破するルート」を組織的に確立したことが、同校の進路実績を押し上げた最大のエンジンといえます。
